Đại học Y Cao Hùng (ban đầu có tên gọi là Học viện Y Cao Hùng) được chính thức thành lập vào năm 1954. Ngoài việc là Trường Đại học Y tư thục đầu tiên, Trường còn trở thành một cái nôi quan trọng đối với các bác sĩ tay nghề cao và các chuyên gia y khoa.
Học viện Y Cao Hùng nhận được sự cho phép của Bộ giáo dục chính thức đổi tên thành Đại học Y Cao Hùng vào 8/1999. Kể từ đó, Trường bao gồm 6 học viện: học viện Y, học viện Nha khoa, học viện Dược, học viện Điều dưỡng, học viện Khoa học y tế và học viện Khoa học đời sống.
Mục tiêu giáo dục của trường: Đại học Y Cao Hùng đảm nhiệm trách nhiệm đào tạo các sinh viên y khoa có đầy đủ kiến thức, kỹ năng, năng lực và trở nên cần thiết cho ngành y tế trên toàn Thế giới bằng cách hoàn thành lý tưởng của Hiệu trưởng Hsin-Su Yu “Giảng dạy xuất sắc, Nghiên cứu đổi mới, Chăm lo xã hội và Chủ nghĩa nhân văn cao”.
Các học viện, khoa và phòng ban của trường
Học viện Y
- Khoa Y
- Khoa Y văn bằng 2
- Ban y học thể thao
- Ban chăm sóc thận
- Ban liệu pháp hô hấp
- Viện y dược
Học viện nha khoa
- Khoa nha
- Ban vệ sinh miệng
Học viện dược
- Khoa dược
- Ban khoa học mỹ phẩm và mùi hương
- Viện bào chế dược phẩm
- Viện sản phẩm thiên nhiên
Học viện điều dưỡng
- Khoa điều dưỡng
- Viện nghiên cứu giới tính
Học viện khoa học y tế
- Ban công nghệ sinh học và khoa học thí nghiệm y học
- Ban chẩn đoán hình ảnh và khoa học bức xạ
- Ban y tế cộng đồng
- Ban tâm lý học
- Ban xã hội học y khoa và công tác xã hội
- Ban vật lý trị liệu
- Ban phép chữa bằng lao động
- Ban quản trị chăm sóc sức khỏe và thông tin y tế
Học viện khoa học đời sống
- Ban hóa học ứng dụng và chữa bệnh
- Ban khoa học y sinh và sinh học môi trường
- Ban công nghệ sinh học